古邗江地域临江濒海,为“蜀冈古陆”东境,新石器时代即有先民生息繁衍其间。西周初期,淮夷始建干国,后改称邗国。周敬王三十四年(前486),吴王夫差开邗沟,筑邗城。春秋战国时,此地先后属吴、越、楚诸国。周慎靓王二年(前319),楚怀王在邗城旧址置广陵邑。秦王政二十四年(前223),秦灭楚,广陵邑随属秦。汉代,境域分属广陵县、江都县。三国时,广陵县、江都县废,其地先属吴,继属魏。晋代,此地先分属广陵县、江都县、舆县,后属广陵县、江都县。南北朝时仍属广陵县、江都县。

隋开皇十八年(598),改广陵县为邗江县,此为邗江县名之始。大业元年(605),改邗江县为江阳县。

唐武德三年(620),江阳县并入江都县。贞观十八年(644),分江都县合渎渠(古邗沟)以东9个乡立江阳县。永淳元年(682),又分江都县西部与江阳县曲江以南地域为扬子县。现邗江区境内东南部属江阳县,西及西南部属扬子县,余属江都县。扬子县后移治仪征新城改为永贞县,后废。

五代南唐李昪昇元元年(937),改江阳县为广陵县,现境内东南部属广陵县,余属江都县。

北宋初,邗江的建置沿袭五代。熙宁五年(1072),广陵县并入江都县,境内全属江都县。南宋建炎元年(1127),复置广陵县,现境内东南部属广陵县,余属江都县。

元初,广陵县并入江都县,境内尽属江都县。

明代,境内统属江都县。

清雍正九年(1731),析江都县西、北境置甘泉县,现境内北部属甘泉县,南部属江都县。

1912年,甘泉县并入江都县,境内全属江都县。1937年12月14日,日军侵占扬州,国民政府江都县机关撤离扬州城,移至乡区流动。次年,境域城镇渐为日伪政权江都县所辖。

1940年7月,江都县建立抗日民主政权。1942年2月,抗日民主政权湖西办事处(县级)建立,现境内湖西地区(从邵伯湖北端向南沿古运河以西一线至瓜洲)属之。1943年6月,湖西办事处与水南办事处合并,建立甘泉县,湖西地区更属甘泉县。

1944年9月,析甘泉县东南境及仪征县东部地区建立仪扬县,现境内杨家庙以南至瓜洲一带划属仪扬县。次年8月抗日战争胜利,撤销仪扬县,地域仍归原制。

1946年9月,甘泉县政府奉命北撤后,地属国民政府江都县。1948年4月,东南县建立,湖西地区尽属之,12月东南县改为仪扬县。1949年1月25日,扬州城解放,4月23日,境内全部解放。1949年2~6月,现境内湖西地区划入扬州市。

1949年10月1日新中国成立后,仍承旧制。1950年8月5日,现境内原属扬州市地域划属江都县。

1956年3月9日,析江都县西南部建邗江县,沿用隋代邗江县名。1958年9月5日,撤销邗江县,其地并入扬州市。1962年10月20日,恢复邗江县建制。1983年3月,实行市管县体制,邗江县隶属扬州市。同月,扬州市郊区区公所建立。

2000年12月21日,经国务院批复,撤销邗江县,以原邗江县的行政区域设立扬州市邗江区。

2002年12月,扬州市郊区更名为扬州市维扬区。

2011年11月,邗江区与维扬区合并,组建新的扬州市邗江区,仍属扬州市。